人进入关中援助钟繇，朝廷任命马超为司隶校尉督军从事，讨伐郭援、高干等。郭援在率大军渡过汾河时，马超率领自己的军队在郭援渡河过一半的时候截杀。作战过程中，马超的脚部中箭受伤，但马超没有退缩，用布裹住受伤的脚，继续率军作战，大破敌军，马超部将庞德亲手将郭援斩杀，随后高干和单于呼厨泉投降。曹操担任丞相时，曾想招揽马超入朝为官，但马超没有前去赴任。讨伐郭媛后曹操借汉献帝诏拜封马超为徐州刺史，但马超依旧没去赴任。曹操改封马超为谏议大夫，徐州刺史的位置朝廷给了臧霸。

建安十三年（208年），马腾在张既的劝说下入朝为官，被任为卫尉。马超的两个弟弟马休，马铁也被封奉车都尉、骑都尉，唯独马超留守凉州，被封为偏将军、都亭侯，统领马腾的部队，割据原来马家势力所在的“三辅”，依旧屯兵于槐里。

建安十五年（210年），周瑜跟孙权提出攻占两川联合马超围攻曹操，但计策未实施就病逝了。

建安十九年（214年），刘备与刘璋经过三年的斗争，收降西川不少将领，占领西川不少领土，与张飞、诸葛亮、赵云等逐步完成对成都的包围。同时马超的加入，不仅使得刘备军事力量得到进一步壮大，更对当时的刘璋造成了不小的恐慌，从而加速了刘璋军的投降。而后刘备与夏侯渊争夺汉中，虽然刘备占据西川后实力大增，但在攻打汉中的时候仍然出现了兵力不足的情况，甚至已经到了男子战女子运的地步。马超与张飞屯兵下辩，而马超在西凉一带素有威望，策动氐族雷定七部万余人响应刘备