三忍大战阶段。

大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。

七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。

起先大蛇丸利用纲手怕血这一弱点占据上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。

鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。

此时大蛇丸和自来也激战正酣，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，不想剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。

这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。

佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。），临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。

尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。

疾风传前期阶段。

三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。

大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。

但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。

途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。

不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。

佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。

不尸转生的三年期限届满后，连兜的药也已无助，大蛇丸认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。

大蛇丸也不甘示弱，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量，留下一副大蛇躯壳。

结果因自身极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助反侵，灵魂与力量被完全压制，虽生犹死。

之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，未料被自己苦心寻找的十拳剑封印在鼬的幻术之中，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。

真正算来，大蛇丸在这个时候就算是已经真正死去。这也就是大蛇丸的一生所经历过的一切。

在与佐助争夺身体失败之后，大蛇丸潜藏在佐助的体内，寻找着翻盘的机会。

但是，佐助的哥哥，宇智波鼬却看穿了大蛇丸的把戏。

在鼬与佐助大战之时，鼬使出手段，将大蛇丸从佐助的身体里边逼了出来，然后用十拳剑将大蛇丸放逐、封印在幻术世界当中，永远无法超脱出来。

大蛇丸迷失了。

而后来出现的大蛇丸，其实是因为药师兜在大蛇丸被封印之前就已经移植了大蛇丸的基因，所以大蛇丸才能够再次出现。

也就是说，第四次忍界大战出现的大蛇丸并不能够算作真正的大蛇丸，只能够是大蛇丸的复制体一般。

真正的大蛇丸还被宇智波鼬封印在幻术世界当中。

在被封印在幻术空间之后，大蛇丸可以说已经不存在与忍界当中。他的一切，都被那把十拳剑抹去了。

在幻术空间当中，大蛇丸不能移动、不能离开那个不断变幻的世界，他能够做的也只有思考而已。

长久的近乎于永恒的时间当中，大蛇丸也想清楚了许多，他也看开了很多事情。

不在执着于写轮眼，因为那个对于现在已经没有了用处。不在执着于永生，因为他现在几乎就算是永