对南方各省改制的目的一是裁军节省粮饷，二是借改制，通过以文臣任总督、巡抚来节制统帅诸镇武将，加强朝廷对地方武将的控制力。

浙江一省，地方州府原本报备到兵部的兵额有十几万之多，裁兵之后，不到四万人，加辅兵长夫也不过六万人，能大大减轻一下朝廷的财政压力，足粮足饷之下，朝廷也能名正言顺的用军律来约束军将和士卒了，而不复以前军纪败坏，将领各行其是，不听指挥的窘迫情形了。

一番预计下来，浙江额兵三万六千余人，福建三万四千余人（其中有一万郑芝龙的兵马，朝廷给他算了一万兵额的粮饷意思意思），云贵方面，除掉屯田兵、卫所兵外，额兵总兵在四万人左右，四川已被张献忠占领，暂时没法改制，湖广主力还是左良玉余部，南直隶由御营，京营防守，江北由四镇余部负责防守。